Пока еще не все разобрали, но возник такой вопрос: можно ли вместо stack`a использовать st_dev && st_ino ? Вроде как они уникальны для каталога, т.е. хранить не полные пути,а два этих значения ( возможно их как-то упорядочивать , тогда не надо будет ходить по всему списку) для тех каталогов, которые прошли.